Về mặt hành chính, Nam triều kế thừa Đông Tấn, thi hành chế độ 3 cấp: châu, quận, huyện. Tuy nhiên, "kiều châu quận huyện" và "song đầu quận huyện" do tiến hành "thổ đoạn" nên biến thành châu quận thông thường. Từ năm Trung Bình thứ 5 (188) thời Hán Linh Đế trở đi Trung Quốc bắt đầu thực thi chế độ hành chính ba cấp: châu, quận, huyện; đến sau khi Tùy diệt Trần, triều đình đổi thành chế độ hai cấp: châu, huyện. Ở Nam triều, cấp châu đặt chức thứ sử, cấp quận đặt chức thái thú, chỉ có Đan Dương quận vì có địa vị thủ đô nên được dặt chức "doãn"; ở cấp huyện đặt ra chức lệnh, trưởng; từ thời Lưu Tống trở đi thì "lệnh" nhiều hơn "trưởng". Đồng cấp với quận là "vương quốc" và "công quốc", đặt chức "nội sử" và "tướng". Ở các khu vực dân tộc thiểu số, như dân Man, tộc Liêu, tộc Lý thì lập ra "tả quận", "tả huyện" và "liêu quận", "lý huyện", ví dụ như Nam Trần tả quận, Đông Đãng Cừ liêu quận. Đương thời, châu, quận, huyện có đẳng cấp phân biệt; nói chung dựa vào cự ly với thủ đô mà phân phẩm cấp cao thấp, những viên chức trợ giúp ở cấp châu được xét theo đẳng cấp của châu mà phong chức quan; hai châu Dương và Kinh còn được gọi là "nhị Thiểm".[31]

Về mặt cương vực, Lưu Tống kế thừa cương vực của Đông Tấn, cơ bản có trên dưới 22 châu. Thời đại Lưu Tống Vũ Đế là đỉnh cao, song không lâu sau, sau năm Vĩnh Sơ thứ 3 (422) thì vùng Hà Nam dần bị Bắc Ngụy thôn tính, sau đó biên giới lui về Hoài Thủy. Thời Nam Tề, về cơ bản tương đồng với Lưu Tống, có trên dưới 22 châu, song sau bị mất đất Miện Bắc Ung châu và Dự châu Hoài Nam. Thời Lương, việc thiết lập châu huyện cũng như cương vực có biến đổi rất lớn, vì Bắc phạt nên đoạt được đất Hoài Bắc, từng tiến đến đất Hà Nam. Ngoài ra, triều đình còn mở mang đất Mân-Việt; bình định tộc Lý Động, đánh bại tộc Tang Kha. Năm 539, Lương tổng cộng có 107 châu lớn nhỏ khác nhau. Trong và sau loạn Hầu Cảnh, Bắc Tề thừa cơ chiếm lĩnh đất Hoài Nam-Giang Bắc, Tây Ngụy thừa cơ chiếm đất Hán Trung-Ba Thục. Tây Ngụy suất quân đoạt lấy vùng đất ở phía bắc Giang Lăng của Lương, giao cho Tiêu Sát kiến lập Tây Lương để làm nước phụ dung. Sau khi Trần thành lập, cương vực không rộng, từ năm 569 thì bắt đầu dần thu phục đất Hoài Nam cùng một bộ phận Hoài Bắc, cùng từng đoạt được vùng đất phía bắc Trường Giang của Bắc Tề (573-577).[31] Đến năm Thái Kiến thứ 11 (579) thời Trần Tuyên Đế, Trần bị Bắc Chu Vũ Đế chiếm lĩnh vùng Hoài Nam-Giang Bắc, khiến quốc thổ giảm thiểu, chỉ còn lại vùng đất ở phía nam Trường Giang đến khu vực Giao-Quảng.

Bắc triều về mặt phân chia hành chính kế thừa Thập Lục Quốc, phân thành 3 cấp châu, quận, huyện như Nam triều. Tuy nhiên, lãnh thổ của một châu không lớn, thứ sử của châu có thể vượt qua cấp quận mà trực tiếp quản lý huyện, khiến cấp quận dần bị "hư cấp hóa", đến triều Tùy thì chính thức rút lại còn hai cấp: châu, huyện. Bắc Ngụy cũng thiết lập "kiều châu quận huyện" và "song đầu châu quận", như Nam Ung châu, đồng thời chiếu theo số nhân khẩu mà phân đẳng cấp của các châu, quận, huyện. Nhằm ngăn chặn những người mới quy phụ hoặc khác họ tiến hành phản loạn, vào năm 406, Bắc Ngụy đem trưởng quan các cấp hành chính phân lập tam vị, trong đó chức thứ sử của châu cần có một vị là tông thất. Bắc Ngụy ban đầu đặt chức "hành đài" để phụ trách quân chính địa phương, đặt chức đô đốc để quản lý quân sự một số châu. Đến thời Bắc Tề thì định "hành đài chế", Bắc Chu định "tổng quản chế", đều phụ trách quân sự và hành chính của một số châu quận. Ở Bắc Tề, do lãnh địa của một châu càng phân càng nhỏ, do vậy đặt chức "hành đài" kiêm quản dân chính và quân sự của một số châu.[32] Tây Ngụy lại đổi "đô đốc" thành "tổng quản", tính chấyt tương tự như "hành đài" của Bắc Tề. Thời Bắc Chu, tổng quản thường kiêm nhiệm thứ sử tại châu trú chân, đồng thời lấy châu trú chân làm danh.[chú 7] Bắc Ngụy đối với bản tộc Tiên Ti hoặc các tộc khác (ngoài tộc Hán) đặt chức "lĩnh dân tù trưởng" để quản lý tộc đó, địa vị chỉ đứng sau thứ sử các châu. Đồng thời, Bắc Ngụy cũng kế tục Thập Lục Quốc, đặt thêm "hộ quân" để quản lý các dân tộc khác trong địa phận châu, địa vị tương đồng với quận thủ, đến năm 457 thì phế trừ. Bắc Ngụy còn có "trấn thú chế", thiết trấn ở các yếu địa về quân sự. Trấn do trấn tướng quản lý, bên dưới phân thành "thú" do "thú chủ" quản lý. Trong số đó, quan trọng nhất là Lục trấn có nhiệm vụ củng cố thủ đô Bình Thành, sau khi Hiếu Văn Đế thiên đô thì Lục trấn thế suy. Sau khởi nghĩa Lục trấn, trấn thú Bắc triều chỉ chuyên quản quân sự, không còn có tính chất đơn vị hành chính.

Về mặt cương vực, Bắc Ngụy nổi lên từ đất Đại Bắc (nay là bắc bộ Sơn Tây), đến năm 439 thống nhất Hoa Bắc, kết thúc thời kỳ Ngũ Hồ loạn Hoa. Bắc Ngụy nhiều lần xâm nhập Lưu Tống, chiếm lĩnh đất Sơn Đông, Hà Nam và Hoài Bắc. Ngoài ra, Bắc Ngụy còn đoạt được đất Hoài Nam của Nam Tề và khu vực Hán Trung-Kiếm Các của Lương. Đến lúc này, lãnh thổ Bắc Ngụy bắc đến thảo nguyên Mạc Nam, tây đến Tây Vực, đông đạt Liêu Tây, nam đạt lưu vực Giang-Hán. Trong quá trình mở rộng lãnh thổ, châu quận phần nhiều được thiết lập khi cần, đến năm 487 thì bắt đầu chỉnh đốn. Đến sau thời Hiếu Minh Đế, lãnh thổ Bắc Ngụy giảm thiểu, châu quận được đặt quá nhiều.[33] Sau khi Bắc Ngụy phân liệt thành Đông Ngụy và Tây Ngụy, Đông Ngụy có 80 châu, Tây Ngụy có 33 châu. Sau khi Bắc Tề kiến lập, bắt đầu tiến hành chỉnh đốn phân chia hành chính, phế bỏ ba châu, 153 quận, 589 huyện. Vùng Giang Hoài của Bắc Tề sau bị Trần chiếm lĩnh. Tây Ngụy nhiều lần công chiếm đất Ba Thục và Giang Hán của Lương. Những năm đầu Bắc Chu, triều đại này chiêu lại đất Nam Trung, đặt Ninh châu (tức Nam Ninh châu).[34] Bắc Chu Vũ Đế diệt Bắc Tề, lấy đất Giang Hoài của Trần, khuếch trương đáng kể về mặt lãnh thổ.